決済方法が非表示にならない原因は下記が考えられます。
アプリを利用するには有料プランに契約いただく必要があります。※ 開発ストアの場合もプランに契約いただく必要があります。
上記の場合は、ルール画面より該当ルールのステータスをご確認ください。ステータスが「無効」の場合は「有効」に変更し、再度ご確認をお願いします。
決済ルールの条件はAND条件です。設定したすべての条件が同時に満たされた場合にのみ非表示になります。
上記の場合は、決済ルールの条件に合致しているかご確認ください。
決済方法名は、一覧から選択した場合はプリセット名と、直接入力した場合はShopifyのチェックアウトに表示されている名称と一致している必要があります。
チェックアウト画面に表示されている正確な決済方法名を確認し、ルールに設定した決済方法名と一致しているか確認してください。
対象商品・コレクションが未設定の場合、ルールは機能しません。
上記の場合は、ルールの「対象商品」または「対象コレクション」が正しく設定されているか確認してください。
弊社アプリが利用しているShopifyが提供している決済非表示の仕組み「Payment Customization API 」が、ShopアプリやShopify POSに対応していません。上記の場合は、Shopアプリの販売を停止することもご検討ください。
参考：Payment Customization API ｜Shopify dev
弊社アプリが利用しているShopifyが提供している決済非表示の仕組み「Payment Customization API 」が、Shopアカウントでログインした際に、特定条件にて遷移するShopアカウント専用のチェックアウトページ（URLが、https://shop.app/checkout/xxxxxxのページ）には対応していません。
本件は、Shopifyの公式ドキュメントには記載がありませんが、Shopifyに直接確認し、「仕様である」旨の返答がありました。
上記の場合は、Shop Payの利用または、Shopアカウントでのログインの利用を停止することをご検討ください。
（弊社で把握している問題が再現する手順）
過去にShop Payで支払った「Shop Payアカウント」でログイン
チェックアウトページボタンをクリック※ この時に、ストアのチェックアウトページではなく、Shopのチェックアウトページ（URLが、https://shop.app/checkout/xxxxxxのページ）に遷移する
Shop Payの「今すぐ支払う」のみ表示される（しかも、Shop Payで決済できてしまう）
決済ルールで設定できる「銀行振込」や「郵便為替」、「代金引換」はそれぞれ下記の方法で作成された決済方法を非表示にします。
銀行振込・・・手動の決済方法で「銀行振込」を選択して、作成した決済方法を非表示にします。
郵便為替・・・手動の決済方法で「郵便為替」を選択して、作成した決済方法を非表示にします。
代金引換・・・手動の決済方法で「代引き（COD）」を選択して、作成した決済方法を非表示にします。
そのため、手動の決済方法で「カスタム決済方法を作成する」を選択して作成した決済方法（名称が「銀行振込」や「郵便為替」、「代金引換」の場合も）は、非表示できません。
上記の場合は、「決済方法の一覧に存在しない決済を非表示にする 」を参考に、決済ルールに対して新たに決済方法を追加してください。
All in Giftなど動的に下書き注文のチェックアウトページを自動生成するアプリを利用している場合に、当社アプリでは商品データが参照できず正常に決済ルールが動作しないケースがありました。
上記の場合は、下書き注文を自動生成しない設定が可能な場合は、その設定をご検討ください。
Shopifyの注文管理画面から作成した下書き注文のチェックアウトページ自体では、決済ルールは正常に動作します。
それでも解決しない場合は、サポートへお問い合わせください。