アラートメッセージが商品ページやカートページで表示されない理由は下記が考えられます
アラートメッセージはルールに設定した制限の範囲外の場合に表示されます。例えば、個数ルールにて「2~5個の間で購入可能」の個数制限を設定した場合、1個や6個以上をカートに追加しようとした場合にアラートメッセージが表示されます。
上記の設定は、ルールに設定した制限の範囲外だとしても、チェックアウト遷移後にしかアラートメッセージを表示しない設定となります。商品ページやカートページでもアラートメッセージを表示させたい場合は、「カート変更とチェックアウト」を選択してください。
弊社アプリのアラートメッセージはShopifyテーマのアラート表示処理に準ずる仕様となります。そのため、Shopifyテーマ自体がアラート表示できない仕様の場合はアラートメッセージが表示されません。本原因の場合、アラートメッセージが表示されないだけで、注文自体ができないように制限できているためご安心ください。
それでも解決しない場合は、サポートへお問い合わせください。